Морской собор в городе-крепости Кронштадт (с тремя престолами — во имя свт. Николая Чудотворца, свв. апп. Петра и Павла и прп. Иоанна Рыльского) был заложен 1 (14) сентября 1902 года по указу императора Николая II в честь 200-летия Российского флота. Молебен на строительство храма совершил святой праведный Иоанн Кронштадтский.
Автор проекта профессор В.А. Косяков взял за образец собор святой Софии в Константинополе. В возведении собора участвовали командир Кронштадтского форта вице-адмирал Н.И. Казнаков, вице-адмирал С.О. Макаров и другие выдающиеся русские флотоводцы. Построенный на народные пожертвования и средства Морского ведомства, собор был освящен 10 (23) июня 1913 года в присутствии императорской семьи протопресвитером Георгием Шавельским в сослужении протоиерея Иоанна Морева и будущего священномученика протоиерея Алексия Ставровского.
Задуманный как памятник всем морякам, погибшим за Отечество в бою или от ран, Николаевский храм по праву считался духовным центром всего Российского флота. На памятных досках были высечены имена 12 тысяч погибших за Отечество моряков, за которых в соборе ежедневно возносилась молитва. Здесь бережно сохранялись реликвии, связанные с морской славой державы.
Уникальный храм-памятник истории Российского флота стал градостроительной и морской доминантой Кронштадта — главный купол храма виден со всех точек Невского фарватера.