В 1706 году на тогдашней северной окраине Москвы, за Сухаревой башней, по указу Петра I был заложен аптекарский огород для выращивания лекарственных растений. С этого огорода сад и ведет свою историю. Сначала он принадлежал Аптекарскому приказу, затем Московскому госпиталю и Медико-хирургической академии. В 1805 году бывший огород был куплен Университетом и по сей день остается в его ведении.
Для управления огородом по традиции приглашали опытных садовников и ученых-иноземцев, главным образом, из Германии. В медицинском саду не только выращивали, заготавливали лекарственные травы и на месте готовили из них лекарства (об этом косвенно говорят находимые в земле старинные аптекарские пузырьки), но и обучали студентов, будущих врачей. Отсюда посылали и первые ботанические экспедиции по России, а любознательные ученые-ботаники собирали в саду первые коллекции «курьезных плантов». По легенде, еще при основании сада сам Петр посадил здесь три хвойных дерева: ель, пихту и лиственницу «для научения граждан в их различии»; из них последняя жива до сих пор. Крона лиственницы повреждена молнией в начале XX века, и с тех пор она почти не растет. Ее почтенный возраст недавно был подтвержден с помощью возрастного бура.