В XVIII веке место, где находится Чесменская церковь, представляло из себя окружённое густым лесом болото. Финские крестьяне называли его "кикерикексен", что в переводе с финского означает "лягушачье болото".
В 1774 году здесь, на 7-й версте Царскосельского тракта, Екатерина II повелела построить путевой дворец для отдыха по дороге из Петербурга в Царское Село. Архитектор спроектировал это сооружение в духе средневекового замка. Рядом с путевым дворцом появилась и церковь, в том же псевдоготическом стиле. Автор этих строений - Юрий Матвеевич Фельтен.
Существует легенда, согласно которой на 7-й версте Царскосельского тракта Екатерину II догнал гонец с сообщением о победе русских войск над турецким флотом в Чесменской бухте. Именно благодаря этому и было выбрано место для путевого дворца.
Чесменский храм был заложен 6 июня 1777 года в присутствии Екатерины II, цесаревича Павла с супругой, а также шведского короля Густава III, дабы напомнить ему о могуществе русской армии. Поскольку Чесменская битва началась в день святого Иоанна Предтечи, храм освятили его именем. Это событие состоялось в 10-летний юбилей сражения 24 июня 1780 года. При этом также присутствовала императрица, но на этот раз вместе с римским императором Иосифом II. Тогда же она повелела "именовать дворец и церковь Чесменскими".