Черновицкий университет основан в 1875 году на базе духовной семинарии в составе 3 факультетов: богословского, юридического и философского. Первым ректором университета был доктор К. Томащук.

В период вхождения территории в Австро-Венгерскую империю до 1918 года преподавание велось на немецком языке.

После перехода в 1918 году Буковины в состав Румынии, в 1920 году, был преобразован в румынский Университет Имени Кароля I.

В 1940 году, после присоединения Северной Буковины к УССР, был преобразован в Черновицкий государственный университет, с 7 факультетами и преподаванием на украинском языке.
Основной корпус университета был построен при румынской администрации в период с 1920-го по 1922-ой годы. Университет располагается в 17 корпусах с общим количеством зданий 105 ед. Общая площадь помещений составляет 110,8 тыс. м², в том числе учебная — 66 тыс.кв.м.

На территории главного корпуса находятся три учебных корпуса (№ 4,5,6) и действующая церковь Трех Святителей.