Замок основан в середине XIII века дворянином Чехом из Будеёвиц на скале высотой 83 метра над рекой Влтавой недалеко от местечка Подгради и выстроен в готическом стиле. Его первоначальное название — замок Фрауенберг. Позднее он неоднократно перестраивался, приобретая то ренессансные, то барочные черты. За первые 400 лет существования (XIII—XVII век) замок сменил 26 хозяев. В 1660 году замок стал собственностью рода Шварценбергов. Именно с этой фамилией связан современный облик замка. В XIX веке замок подвергся значительной реконструкции в стиле неоготики. В качестве образца для перестройки замка послужил Виндзорский замок, архитектором проекта реконструкции является венский архитектор Франтишек Бера. Идея создания «Чешского Виндзора», как неофициально именуется замок, принадлежала одной из владелиц замка — герцогине Элеоноре Шварценберг. Шварценберги владели замком вплоть до 1945 года.
В 1947 году замок Глубока был национализирован и с тех пор является государственным музеем.