Монастырь был основан около 1435 года преподобным Макарием Желтоводским и Унженским. По преданию, он выкопал на берегу озера пещеру и поселился в ней. Святой Макарий крестил в озере обращенных им в православную веру. Подвижники построили храм в честь Святой Троицы, вокруг которого и образовался монастырь, расположившийся на берегу озера. Желтоводским назван по Жёлтому озеру. Волга, меняя своё русло, со временем поглотила озеро, и монастырь оказался на волжском берегу. В 1439 году обитель была разрушена отрядом хана Улу Мухаммеда. Место обители на Желтых водах было покинуто и забыто в течение долгого времени. Преподобный Макарий явился во сне иноку Авраамию из города Мурома и повелел идти к Желтому озеру восстанавливать обитель. Случилось это в 1620 году. Русские монастыри были в древности и культурными, и хозяйственными центрами. У стен Макарьевского монастыря встречались суда, плывущие вниз по течению из старорусских земель, с теми, которые тянули бурлаки из устья Волги. Поэтому здесь, на середине Волжского пути, и закрепилась крупнейшая в России Макарьевская ярмарка. Именно с торговых сборов монастырь был отстроен, возведены каменные постройки. В 1817 году Макарьевская ярмарка была перенесена в Нижний Новгород, доходы монастыря оскудели, монастырь признан заштатным, в нём произошёл крупный пожар, и вскоре монастырь был упразднён. Снова восстановлена обитель была в 1883 году, но уже как женская. В годы советской власти монастырь был ликвидирован, в его стенах расположился детский дом. В годы войны в монастыре размещался эвакогоспиталь, а в 1943 году обитель была передана Лысковскому зооветеринарному техникуму. В 1991 году Священный Синод принял решение об открытии Свято-Троицкого Макарьевского Желтоводского монастыря.