Храм томских старообрядцев в конце XVIII — начале XIX века стоял на берегу реки Томи, неподалеку от Богоявленской церкви, но при Императоре Николае I был уничтожен. Община была легализована постановлением 1907 года, и Томск стал центром Сибирской епархии, в которую вошли Томская, Енисейская, Иркутская губернии и Семипалатинская область. Городская Дума отвела место под древлеправославный храм на Алексее-Александровской улице. В годы советской власти — один из немногих действующих старообрядческих храмов в Сибири, единственный в Томской области. Церковь в разное время с архипастырским визитом посещали Митрополиты Московские и всея Руси.
К 400-летию Томска церковь отреставрировали, здание имеет статус памятника архитектуры федерального значения. .