Монастырь в Кременце берет начало в первой трети 17 века. Именно тогда он был основан как православный мужской, согласно привилегии от короля Владислава Вазы. «Благословенную грамоту» предоставил ему Петр Могила, в то время Киевский и Галицкий митрополит и экзарх Вселенского патриарха. При Богоявленском монастыре милосердия действовало братство, работала школа (кстати, по учебному плану Киево-Могилянской коллегии), а также типография и госпиталь. В новых деревянных зданиях обители, появившихся благодаря щедрым пожертвованиям местной шляхты на территории между городским рынком и оборонительными валами, активно действовала православная община. До того, как возник монастырь Богоявленский, в Кременце был его предшественник – православный монастырь святого Спаса. Однако существовал он недолго, вскоре в городке осталась только одноименная Спасская церковь. Далее в городе начала активно формироваться униатская община, обитель тоже стала греко-католического вероисповедания. Последний раз Спасский монастырь упоминается в 1636 году. После заключения Берестейской унии Богоявленский монастырь принял чин святого Василия Великого. Типография, школа и приют прекратили свое существование. Отцы-василиане начали строительство каменных зданий вместо деревянных, поставили новый трехэтажный корпус и церковь.